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同治10年（1871）發生的「牡丹社事件」，為東部開發史的轉捩點。
十六、七世紀起世界海權大興，台灣以其位居中國、日本與東南亞三地區海運樞紐之優越地理位置，廣受各國重視。早期以荷蘭、西班牙、葡萄牙、匈牙利人拓殖態度較為積極；十九世紀以降，則由英國、美國、日本人踵其後。當時台灣西部已明確劃為中版圖，然廣大的東部仍是半化外之地，未受清廷重視，遂予外人有可乘之機。彼等認為佔領東部，不但可西與中國直接貿易，且面東整個太平洋皆其市場範圍，眼光相當深遠。惜閉關自守的清廷識官員慨陳東部海防與開拓之重要性，仍未喚起清廷之正視。
同治10年（1871）琉球航船遇颱風漂流至台灣東南岸，66名生還者登陸恆春半島八瑤灣，遭當地牡丹社原住民襲殺54人，此即著名之「牡丹社事件」。日本以保護國民為藉口，與清廷多次交涉未果，爰於同治13年（1874）興兵討伐牡丹社。此事後來雖以清廷賠款50萬兩，日本撤軍而告一段落，幸未擴大，然終使清廷徹底自迷夢中驚醒，對東部之經營政策轉趨積極（孟祥瀚，1988）。也使得東部亙古以來的遺世獨立庇劫為之丕變，對東部的自然生態、人文歷史有著無比深遠之影響。
負責處理牡丹社事件的福建海防大臣沈葆禎，於日軍撤離後即授命開始經營台灣。時北洋大臣，也是清末重臣的李鴻章明確指出東部地區：「曠土數百里，平衍膏腴，多係生番地界。山產、煤礦、石油、樟腦、藤木、金礦、玉穴，百物殷富。各國通商以來，覬覦已久。日本相距尤近，欲為洋人先導，早晚必圖侵略。若不趁此時撫綏招徠，俾為我用，後患何可勝言」。一語開啟東部發展與台灣現代化之契機。沈葆禎據此擬訂著名之「開山撫番」政策，獲清廷大力支持。
其具體辦法有三：
（一） 打通西部與東部間之交通路線，以克服東部地理環境限制：
開路係利用軍隊力量，分北、中、南三路進行。北路由提督羅大春辦理，自蘇澳南下，經大南澳、得其黎（今立霧溪口）至花蓮，長205華里，為今日蘇花公路前身。中路由總兵吳光亮領軍，自林杞埔（今南投竹山）東行，翻越八通關，至璞石閣（今花蓮玉里），長265華里，即今玉山國家公園內之八通關古道。嗣後又打通璞石閣至成廣澳的安通越嶺道，翻越海岸山脈。南路主要位於台東縣境，又分兩路。其一由海防同知袁聞柝負責，自鳳山經赤山（今屏東萬巒）、崑崙拗、衣丁山南鞍、諸也葛、虷子崙（今金崙）、大貓裏（今太麻里）以迄卑南，長175華里，即崑崙坳古道。另一由總兵張其光領軍，以鳳山射寮（今屏東枋寮）為起點，經南崑崙（今姑子崙山）、古阿崙、大鳥萬（今大鳥）、虷子崙、大貓裏而達卑南，長214華里。前者主要沿金崙溪，後者沿大武溪上游姑子崙溪與大鳥溪。三路之施工期間為同治13年至光緒元年（1874∼1875）間，費時不及二年，於當代為少見的高效率。
（二） 解除山禁，教化原住民，打破東部亙古以來孤立隔絕：
光緒元年（1875），施行一個半世紀的山禁、海禁終獲解除，漢人得以自由進出東部，加速東部之拓墾。清廷對原住民之政策則是教以農耕，變異風俗，提高其生活水準，使能與漢人和平共處。
（三） 調整行政體系，正式設官治理東部，以納入版圖：
光緒元年（1875），原設於台南的南路撫民理番同知移紮於卑南，下設撫墾局。同時設置卑南廳，管轄北起宜蘭東澳溪，南迄恆春八瑤灣之範圍，廳治設於寶桑。光緒3年（1877），綠島、蘭嶼亦納入清朝版圖（孟祥瀚，1988）。
沈葆禎主政台灣期間不過年餘，然由於其器識閎偉，擘劃周密，影響日後東部之發展甚鉅，亦為台灣現代化之奠基者。繼沈氏之後任台事者有王凱泰、丁日昌、吳贊誠等，任期皆短。此時漢人拓墾東部方式逐漸由官辦改為民營，而拓墾腳步亦由縱谷兩端向內部進展。
光緒10年（1884年）中法戰爭後台灣建省，光緒12年（1886）劉銘傳任首任巡撫。其在位之5年期間，殫精竭慮，悉心經營，治績斐然。除修築鐵路、設立電信、將梓腦、煤礦、硫磺收歸官營外，亦著手實施西式教育，使得台灣各項建設突飛猛進，成為日薄西山的大清帝中最朝氣蓬勃之省份，後人每視之為有清一代經營台灣之集大成者。於東部政策上，劉氏除繼續安撫教化原住民與拓墾工作外，最前瞻性之作法為將卑南廳不經設縣而破格升為「台東直隸州」（光?13年，1887），層級與台北、台灣（中部）、台南三府平行，凸顯其積極經營東部之決心。此為「台東」一名之首見，當時的台東包涵今花蓮縣在內。光?15年（1889）為徵稅便，又於州下分設南、廣、新、奉、蓮5鄉。其中南鄉轄地為以卑南為中心之台東平原，廣鄉為以成廣澳為中心的東海岸（秀姑巒溪以南），新鄉為以新開園（今池上錦園）為中心的縱谷南段（秀姑巒溪以南）。劉氏於光?17年（1891）去職，繼任者邵友濂保守退縮，東部開發大業又漸廢弛（孟祥瀚，1988）。
清末積極開發東部的過程，為外來政權與文化大規模、有計畫進入東部濫觴，官方與在地原住民間之衝突幾無可避免。1874∼1895的20餘年間，較大之衝突有5次，其中以「大庄事件」（或稱台東之役）規模最大，且與台東縣之關係較密切。該事件起因於光緒12年（1886）劉銘傳的「清賦」政策。時任職東部清賦委員的雷福海徵收各地田畝清丈單費過急，又欺凌婦女，引起民怨。光緒14年（1888）大庄（今花蓮富里）之客民劉添旺遂夥同里瓏、新開園之墾民與西拉雅人共同起事。北部馬太鞍、太巴塱（今花蓮光復）阿美族人與南部卑南、呂家望（今利嘉）卑南族人亦先後響應，戰事遍及縱谷南北。清廷平定北路後，特調海軍統領丁汝昌以北洋艦隊精銳「致遠號」、「靖遠號」二艘快船（巡洋艦）前來支援，砲轟卑南平原（今台東平原），終於平息內亂。此為清廷對東部最具規模之軍事行動，兼有宣揚國威，保衛海疆之深層用意。
光緒20年（1894，台灣割日前二年），由寶桑庄、新街、馬蘭坳三處市街所集結而成的卑南新街（今台東市前身），已儼然成為東部地區的貿易、交通中心，商業日漸繁榮。當時漢人已有178戶，750人，猶較花蓮港街發達。不過廣大的卑南平原仍屬粗墾狀態，為卑南族與阿美族馬蘭社之勢力範圍。當時居住卑南平原的卑南族與阿美族原住民約有1,500戶，5,000∼6,000人之多，仍屬多數民族。卑南平原外，漢人建立之聚落只有里瓏、新開園、鹿寮（今鹿野永安）、巴塱衛（今大武）與成廣澳等寥寥數處，且多與軍營相鄰，成為一大特色。其中成廣澳為一天然港澳，光緒以後即有戎克船出入，是卑南新街外商業較盛之地，光緒20年時漢人有48戶，170人。至於其他廣大土地，依然是原住民與平埔族天下。全台東地區20,409人口中，漢人人口數為1,810人，僅佔9﹪。此時平地與交通要道上之原住民，多已與漢人和平相處及貿易，惟居深山之原住民仍十分驃悍。平野與山地，野豬、獼猴、梅花鹿、野兔、竹雞、珠頸斑鳩、環頸雉等處處可見，黑熊、雲豹亦復不少，為極佳之獵場。由於林木茅芒多未闢，蚊蚋滋生，加上地形、氣候變化大，旱熱濕冷無常，今稱瘧疫者不計其數。同治13年至光緒20年（1874∼1894）短短廿年間，歷任卑南廳同知及台東州知州的地方首長多達16位，其中4名於任內病故。折損率之高，替換之頻繁，可以想見水土不服之嚴重。
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