台東縣擁有七族原住民族群，分別為布農、排灣、魯凱、阿美、卑南、雅美與噶瑪蘭等族 ，種族與文化歧異度之高，不只是全台第一，也是世上少有。而高比率的原住民人口，與濃厚的原住民文化色彩，更是台東縣獨步全台的人文資源。

　　台東縣境內現有原住民族，與台東縣或東部之史前人類究竟有無血統、文化上的傳承關係，至今仍難下定論。比較明確的是史前靜浦文化人與今日阿美族人，以及蘭嶼晚期史前文化與今日雅美族人的關係。綜合日治時期移川子之藏等「台灣高砂族系統所屬之研究」及後續學者之說，卑南，阿美，雅美三族是東部的固有族群。前二者移來台東縣之時間較早，可能有一、二千年歷史；後者約為五百至一千年。魯凱、排灣、布農三族移來台東縣時間較晚，可能不及五百年。最晚來到之族群為西拉雅與噶瑪蘭平埔族，迄今不過百餘年。

　　卑南族傳說中的發祥地為巴那巴那養或魯波阿岸，位於今日太麻里鄉三和村海邊，台東平原與大武斷層海岸交接處。另部分部落祭祖時，須朝向綠島、蘭嶼方向祭拜，暗示其祖先可能來自南洋一帶。
阿美族傳說中的發祥地有台東縣的阿拉巴乃，今太麻里鄉三和村、綠島、蘭嶼，以及花蓮縣的基拉卡珊，今豐濱鄉八里灣山∼海岸山脈北段最高峰等地。同樣暗示其祖先可能來自南洋，以跳島方式經由蘭嶼、綠島、台東而後到秀姑巒溪口。其中阿美族的阿拉巴乃與卑南族的巴那巴那食居然是同一地點（或接近），十分耐人尋味。

　　雅美族為台灣所有原住民族中，起源最明確者。由於其語言與菲律賓北部巴丹群島相通，且各部落皆有源自南方伊瓦坦之傳說，因此幾可肯定其祖先來自該島。民國87年，雅美人組團前往巴丹尋根，更近一步確定兩者間的血緣、文化關係。

　　魯凱族人之傳說，其祖先發祥地在利嘉溪上游的拉羅靈嘎湖，應該就是今日的小鬼湖。嗣後一支北移至高雄茂林，形成下三社群；一支西移至屏東霧台，形成魯凱群；一支則向東繼續下移，於日治昭和17年(1942)遷至今大南（卑南東興村）。

　　排灣族之口傳，其祖先來自大武山。就過去文獻資料顯示，其祖居地位於今屏東縣三地、瑪家、泰武三鄉一帶，也大致位於大武山下。其大規模擴展，約始於十六世紀末，逐漸形成拉瓦爾、布曹爾、巴武馬、察敖保爾、拍利達利達敖、巴卡羅等族群。台東縣排灣族屬巴卡羅群，大抵是十七至十九世紀陸續遷入者。

　　布農族的原始居地為南投縣的信義鄉一帶。嗣後可能受迫於西部平原漢人、平埔族人的壓力，以原居地的巒社群為基礎，向北發展成卓社、卡社二群，向東發展成丹社群，向南發展成郡社群。位於其北的泰雅族也可能基於相同的原因，分別向北、向東擴展。兩大族的遷移，牽動整個東部原住民生活空間的重組。

　　噶瑪蘭族是蘭陽平原最早的原住民，原為台灣平埔族的一個支系，早期主要分布於蘭陽平原一帶，約於十八世紀末期，因漢人大量移入蘭陽平原，而產生環境改變與生活競爭等因素，噶瑪蘭人始往東部地區遷移，今噶瑪蘭族大致分布於宜蘭、羅東、蘇澳、花蓮縣豐濱鄉及台東縣長濱鄉等地區。